В 2146 году, за восемь лет до прибытия Джейка Салли на Пандору, RDA создает Программу Послов (TAP) под руководством доктора Альмы Кортес и директора RDA Джона Мерсера с целью подготовки пяти юных детей На'ви в качестве послов из числа людей На'ви: игрока (называемого «Саренту»), Ри'нелы, Аха'ри, Тейлана и Нора. Дети На'ви помнят, что их похитили из клана, и раздражены строгой программой Мерсера, что приводит к их попытке побега. Мерсер стреляет и убивает Аха'ри, чтобы запугать их и заставить сдаться. Восемь лет спустя поражение RDA от армии Джейка вынуждает оставшиеся силы RDA эвакуироваться с Пандоры. Мерсер приказывает казнить уже взрослых учеников На'ви как обузу, но Альма бросает ему вызов и ведет учеников в криогенную камеру для жизнеобеспечения, чтобы они могли спрятаться.
Шестнадцать лет спустя студенты пробуждаются от рук бойцов сопротивления На'ви, работающих с Альмой. Им чудом удаётся сбежать из комплекса, когда отряд RDA под командованием Мерсера возвращается, чтобы уничтожить студентов. Саренту удаётся сбежать и воссоединить своих друзей, прежде чем присоединиться к Альме и её команде бывших сотрудников RDA. После успешного выполнения своей первой миссии по уничтожению энергетического месторождения RDA, Саренту удаётся установить связь с Эйвой, живым духом Пандоры, и пообщаться со своими предками, чтобы узнать о почти вымершем клане Саренту. RDA усиливает свою агрессию, совершая набег на убежище Альмы. Саренту удаётся сдерживать их достаточно долго, чтобы привлечь внимание клана Аранахе, который приветствует их; их лидер Ка'нат по-прежнему не хочет начинать войну против технологически превосходящей RDA.
В конце концов, продолжающееся вторжение RDA на земли На'ви начинает провоцировать клан Зесва, и Саренту берут на себя задачу уничтожения объектов RDA и заключения союза между кланами, что в конечном итоге приводит к тому, что они вынуждают RDA покинуть критически важный объект. Несмотря на крупную победу, Нор начинает выражать свое негодование по отношению к Альме за то, что она не защитила их от Мерсера, что вызывает раскол между ним и Тейланом, прежде чем RDA устраивают засаду на их базу и захватывают Саренту. Лейтенант Альмы, Билли Нэш, спасает Саренту ценой собственной жизни. Саренту снова присоединяются к Сопротивлению, но обнаруживают, что Альма и многие другие поражены болезнью, вызванной химическим оружием RDA, и что Тейлан, по-видимому, дезертировал. Саренту обращаются к местному клану Каме'тире за помощью и в процессе обнаруживают существование еще одного объекта TAP под названием TAP Con-1.
Расследуя операцию TAP Con-1, саренту узнают, что предатель из клана Каме'тире сообщил Мерсеру о местонахождении клана саренту, что привело к его уничтожению, а Мерсер забрал выживших детей, чтобы вырастить их как верных ему солдат. После разоблачения предателя лидер Каме'тире Ануфи соглашается искупить свою вину, исцелив больных членов Сопротивления. Нор покидает Сопротивление, но перед этим смертельно ранит Альму в её теле Аватара. Прежде чем её форма На'ви умирает и она возвращается в своё первоначальное человеческое тело, Альма передаёт свои воспоминания саренту и Ри'неле, раскрывая, что она помогала Мерсеру совершить резню из желания обеспечить успех программы TAP и что она сожалеет о своём решении с тех пор.
RDA наращивает свои усилия по добыче нефти на Пандоре, что побуждает саренту и Сопротивление расследовать истинные намерения RDA. Они узнают, что Мерсер намерен взорвать взрывчатку под поверхностью Пандоры, открыв всю территорию для добычи ресурсов и лишив кланы На'ви местной фауны, которая их кормит. Не имея другого выбора, многочисленные кланы На'ви объединяются и атакуют базу Мерсера, в которую Саренту проникают из пещер. Тейлан, который изначально был на стороне Мерсера, переходит на сторону Сопротивления. Работая вместе, Саренту и Тейлан саботируют бомбу и заманивают Мерсера в ловушку, оставляя его погибать при взрыве. После этого RDA отступает из региона, а Саренту, Ри'нела и Тейлан решают сосредоточиться на восстановлении клана Саренту.
Информация по комментариям в разработке