Скачать или смотреть Анализ главных координат (PCoA) в R

Анализ главных координат (PCoA), также известный как метрическое многомерное шкалирование, суммирует и пытается представить межобъектное (не)сходство в низкоразмерном евклидовом пространстве. Вместо использования необработанных данных PCoA принимает в качестве входных данных матрицу (не)сходства. # коды
пытаются извлечь измерения, учитывающие максимальные расстояния
Преобразовать в логарифм
library(vegan)
E.log = log(ECO[1:30] + 1) # Эквивалент: log1p(mite[1:30])
Анализ главных координат и простой ординационный график
E.D =vegdist(E.log, "bray")
Результат =pcoa(E.D)
Результат$значения
biplot(Result)
#Проецирование нестандартизированных и стандартизированных видов на ординационный график PCoA
E.log.st = apply(E.log, 2, scale, center=TRUE, scale=TRUE)
par(mfrow=c(1,2))
biplot(Result, E.log)
biplot(Result, E.log.st)
Изменение направления осей ординации на графике
par(mfrow=c(1,2))
biplot(Result, E.log, ось1=-1, ось2=-1)
биплот (Результат, E.log.st, dir.axis1=-1, dir.axis2=-1)
########