TogoID ver. 2.0を使って生命科学系データベースのさまざまなIDを探索的に変換する

https://doi.org/10.7875/togotv.2024.094
TogoID https://togoid.dbcls.jp/ は、直感的なインターフェースにより生命科学系データベース(DB)のさまざまなIDのつながりを探索的に確認しながらID変換をすることができるウェブアプリケーションです。DBCLSによって開発・運用されています。TogoIDでは2024年11月現在、多様な生物学的カテゴリをカバーする105のデータセットに対応しており、直接の対応がないID間であっても他のデータセットを経由した変換を多段的に行うことができます。また、従来のID変換サービスにない独自の機能として生物学的意味の解釈をしながらID変換を行うことができます。これはIDの対応関係の意味(セマンティクス)を定義するオントロジー(TogoID Ontology)を構築することによって実現しています。TogoIDでは、変換されたIDをすぐに他のサービスで利用できるようクリップボードにコピーする機能があるほか、変換されたIDリスト、IDに対応するURL、そして変換経路のすべてのIDを含むデータをCSV形式でダウンロードすることができます。対象DBのIDに関するメタデータや、IDペアの更新方法、更新頻度などをGitHubレポジトリ上で管理(togoid-config)することで、常に最新のID間の対応関係を得られるようにしています。ウェブインターフェイスだけでなく、APIも用意しており、他のアプリケーションからのID変換にも利用することができます。2024年9月に行われたアップデート(Ver.2.0)では、ID に対するラベルを表示する機能やラベルを ID に変換す る機能の追加、同一データセット間の複数種類の関係への対応などが行われました。

0:00 TogoID ver. 2.0を使って生命科学系データベースのさまざまなIDを探索的に変換する
00:07 1. TogoIDの概要
00:27 2. EXPLOREでIDを変換する
05:10 3. NAVIGATEでID変換の経由候補を確認する
05:45 4. LABEL2IDでラベルをIDに変換する
08:03 5. DATASETSでデータベースの詳細を確認する
09:13 6. DOCUMENTSでTogoIDの使用方法を確認する
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使用音楽クレジット
[BGM]
"May not"
Music by Khaim : https://www.khaimmusic.com/

[Ending]
"Geneve"
Music by Khaim : https://www.khaimmusic.com/
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#togotv#DBCLS#bioinformatics