Скачать или смотреть Onygenalean fungi detected in wild Siberian sables by culturomics and NGS (Roman Ovchinnikov 2020)

Oral presentation at the conference "ONYGENALES 2020: Basic and Clinical Research Advances in Dermatophytes and Dimorphic Fungi” (10 - 11 September 2020, Prague, Czech Republic).
About speaker. Roman S. Ovchinnikov is a Principal Investigator in Laboratory of Mycology in Federal Research Centre of Experimental Veterinary (VIEV) in Moscow, Russia. He has published more than 100 papers in domestic and international journals. Roman is a member of ISHAM Working Group on Veterinary Mycology, Russian Academy of Mycology, and a Board Member of Russian Society of Veterinary Immunology. As a lecturer, he attended a number of conferences and educational courses, including International Veterinary Mycology Course at Radboud University (Nijmegen, Netherlands).

His presentation is focused on detection of potentially pathogenic fungi in wild sables by cultural and metagenomic approach. Outbreaks of mass skin lesions in Siberian sables are known for decades, but their true etiology is still unknown. To reveal the possible etiological role of fungi, 15 samples from affected skins were submitted to conventional mycological investigation, and three of these samples were subjected to next-generation sequencing (NGS), targeting the internal transcribed spacer (ITS) region on an Illumina MiSeq instrument. A total of 34,810 assigned sequences and 249 operational taxonomic units (OTU) were yielded from the sample with NGS (methagenomic). Of these, 9% OTU belonged to the Onygenales order, which are keratinophilic and potentially pathogenic. NGS revealed that up to six keratinophilic species can be found in the same animal. Of these, only two were detected by means of conventional cultural analysis.

Download published thesis from CZECH MYCOLOGY journal page: http://www.czechmycology.org/_cmo/CM7...
The presentation was performed via Internet.
********
Доклад Р.С. Овчинникова "Детекция грибов порядка Onygenales у диких соболей помощью культурального метода и метагеномного секвенирования".
Доклад сделан на конференции "ONYGENALES 2020: Basic and Clinical Research Advances in Dermatophytes and Dimorphic Fungi” (10 - 11 сентября 2020, Прага, Чехия).

Впервые для диагностики кожный инфекций у диких соболей в Сибири (Томская обл.) был применен метод таргетного метагеномного секвенирования. С помощью данного метода в одном образце было обнаружено 6 различных видов порядка Onygenales, большинство из которых - кератинофильные дерматофиты. Всего обнаружено 249 видов грибов в одном образце. При этом при традиционном культуральном исследовании, из 15 образцов было выделено всего 2 культуры гриба-дерматофита. Метод таргетного метагеномного секвенирования открывает большие перспективы для диагностики инфекционных болезней микогенной этиологии.

Для лучшего понимания текста рекомендую включить субтитры (английские).
********
Яндекс.Деньги (поддержка канала): https://money.yandex.ru/to/4100114280...
По этой ссылке вы можете легко сделать перевод на банковскую карту или кошелек Яндекс-Деньги, пожертвования пойдут на развитие канала. Спасибо за ваше участие!
***********
Интересуетесь микробиологией?
Читайте в соцсетсях "Блог микробиолога-практика Романа Овчинникова"!

Фейсбук: http://fb.com/blogmicrobiologa
ВКонтакте: http://vk.com/blogmicrobiologa

Наш веб-сайт по лабораторной диагностике инфекций:
"Бакпосев.Ру" - http://bakposev.ru
#микробиологияиинфекции #микробиология #microbiology