Lara si trova in Egitto alla ricerca di un antico manufatto chiamato l'Amuleto di Horus. Lara scopre un antico passaggio nel deserto attraverso cui arriva, insieme alla sua guida, all'interno di una grande tomba sotterranea. Procedendo al suo interno, la guida fugge terrorizzata davanti ad un'iscrizione, tuttavia Lara, ignorandone lo strano comportamento, prosegue da sola all'interno della tomba, giungendo infine nella sala in cui è custodito l'Amuleto, che rimuove da un sarcofago. Lara esce dalla tomba, ed esamina i geroglifici incisi sull'Amuleto:
«Io, Semerkhet, Sacerdote di Horus, metto in guardia chiunque rimuoverà l'amuleto che imprigiona lo spirito di Set. Colui che banchettò con gli sciacalli all'alba dell'uomo tornerà così a profanare la terra... Set, Signore del Male, sarà nuovamente libero al volgere di un millennio lontano, accompagnato da calamità e pestilenza. E l'intero raccolto appassirà sotto un cielo infuocato.»
Mentre termina di leggere l'iscrizione, Lara viene minacciata dalla guida fuggita, che le intima di consegnargli l'Amuleto. Approfittando di una fortuita distrazione, Lara si sottrae alla minaccia e si lancia all'inseguimento della guida e del suo complice. Lara sale su una chiatta in navigazione sul Nilo, da dove scopre che la guida e il suo complice sono stati assoldati dal suo vecchio mentore, Werner Von Croy.
Lara si reca da un suo amico studioso, Jean-Yves, che le rivela i veri poteri dell'Amuleto e di come, rimuovendolo, abbia scatenato una corsa contro il tempo per fermare il potere di Set prima che distrugga il mondo. Lara si reca perciò nel complesso templare di Karnak per entrare nella Tomba di Semerkhet alla ricerca di un modo per fermare Set. Ostacolata dai guerrieri Tuareg assoldati da Von Croy, Lara giunge all'ingresso della tomba di Semerkhet. Qui ha uno scontro con Von Croy che le sottrae l'Amuleto e la rinchiude nella tomba. Al suo interno, Lara scopre che l'unico modo per fermare Set è recuperare i pezzi dell'Armatura di Horus e applicarli alla statua del dio all'interno della Grande Piramide di Giza, così da far rinascere il potere di Horus, l'unico in grado di fermare Set. Ritornata in superficie, Lara nota Von Croy a bordo di un elicottero che si allontana dal sito di scavo e la guida traditrice messa a guardia dell'uscita dalla Tomba di Semerkhet. La guida rivela a Lara che Von Croy è diretto ad Alessandria, e dopo aver tramortito la guida e rubatole i vestiti, sale a bordo di un treno diretto ad Alessandria.
Dopo essere sopravvissuta agli scontri con gli uomini di Von Croy a bordo del treno, Lara giunge a casa di Jean-Yves ad Alessandria. Informato l'amico egittologo di essersi fatta sottrarre l'Amuleto da Von Croy, Lara si mette alla ricerca dei pezzi dell'Armatura di Horus. Jean-Yves ha infatti scoperto che Cleopatra, consapevole del potere dell'Armatura, l'aveva fatta trasportare nel suo palazzo ad Alessandria. Lara attraversa quindi le catacombe, il Tempio di Poseidone e la Biblioteca di Alessandria per entrare nel palazzo di Cleopatra.
00:00 sala di demetrio
00:20 nodo di pharos
3:00 rovine costiere
3:03 1 segreto
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