Aspectos teóricos e instalação de programas de Docking Molecular

Nesse vídeo, abordaremos aspectos teóricos sobre uma importante técnica de desenho de fármacos baseada na estrutura (SBDD) conhecida como Docking Molecular. Existem vários programas que realizam simulações de docking, mas todos eles realizam duas operações básicas: a identificação da pose (conformação e orientação preferida pelo ligante no sítio de ligação) por meio de algoritmos de busca e a avaliação das afinidades ligante-alvo, por meio de funções de pontuação. Assim, nesse vídeo, vimos alguns exemplos dos principais tipos de algoritmo de busca, funções de pontuação e softwares existentes. Por fim, finalizamos com um tutorial de instalação de dois importantes programas: o AutoDock4 e o GOLD.

Links para instalação dos programas:
1- MGL Tools v. 1.5.6 - ​http://mgltools.scripps.edu/downloads
2- AutoDock 4.2.6 - http://autodock.scripps.edu/downloads...
3- GOLD - Via CAPES (Acesso CAFE): https://www-periodicos-capes-gov-br.e...

Referências:
1- Maia EHB, Assis LC, de Oliveira TA, da Silva AM, Taranto AG. Structure-Based Virtual Screening: From Classical to Artificial Intelligence. Front Chem. 2020 Apr 28;8:343. doi: 10.3389/fchem.2020.00343. PMID: 32411671; PMCID: PMC7200080.
2- Meng XY, Zhang HX, Mezei M, Cui M. Molecular docking: a powerful approach for structure-based drug discovery. Curr Comput Aided Drug Des. 2011 Jun;7(2):146-57. doi: 10.2174/157340911795677602. PMID: 21534921; PMCID: PMC3151162.
3- Dar AM, Mir S (2017) Molecular Docking: Approaches, Types, Applications and Basic Challenges. J Anal Bioanal Tech 8: 356. doi: 10.4172/2155-9872.1000356.
4- Ferreira LG, Dos Santos RN, Oliva G, Andricopulo AD. Molecular Docking and Structure-Based Drug Design Strategies. Molecules. 2015; 20(7):13384-13421. https://doi.org/10.3390/molecules2007...
5- Romano T. Kroemer, 2007. Structure-Based Drug Design: Docking and Scoring. Current Protein & Peptide Science 8, 312–328.. doi:10.2174/138920307781369382