Скачать или смотреть Алгоритмы сборки генома

Здесь я рассматриваю два наиболее распространенных алгоритма сборки генома: OLC и DBG.

Временные метки:
0:00 Введение
1:20 Статья
1:50 Предварительные условия
2:30 Почему стоит прочитать эту статью
3:50 История алгоритмов секвенирования генома
4:50 Сборка последовательностей de novo
6:00 Консенсус перекрытия (OLC)
8:00 Графы и гамильтоновы пути
10:40 Эвристика «более длинное прочтение выигрывает»
12:40 Особенности OLC
14:00 Рисование ребер OLC
15:50 Графы де Брюина
   • de Bruijn graph assembly for DNA sequences  
17:30 Рисование ребер DBG
22:00 Псевдокод сборки
22:25 Предварительная обработка данных и исправление ошибок
28:50 Построение контигов
30:30 Маскирование повторов
34:00 Связывание скаффолдов
35:35 Разрыв Заключение
37:25 Математическая теория секвенирования генома
40:00 Ошибочные предположения в модели Ландера-Ватермана
41:30 Источники ошибок в геномах
42:50 Гипотеза полезности повторяющихся регионов

Вот ссылка на статью, которую мы обсуждаем:
https://academic.oup.com/bfg/article/...