Скачать или смотреть Биоинформатика с Розалиндой: подсчёт нуклеотидов ДНК

В этом видео я начинаю совершенно новую серию, в которой я изучаю биоинформатику, решая задачи на платформе Rosalind с помощью Python. Я подаю заявку на получение сертификата магистра в области биологических данных, и, поскольку моя специализация — программная инженерия, а не биология, я использую Rosalind, чтобы решать задачи по одной за раз.

Мы начнём с классического первого задания: подсчёта нуклеотидов ДНК.

Прежде чем перейти к кодированию, я разберу биологический контекст, предлагаемый Rosalind. Мы рассмотрим, как каждый живой организм состоит из клеток, как ядро ​​содержит хроматин, как хроматин конденсируется в хромосомы во время митоза и как хромосомы состоят из нуклеиновых кислот — длинных полимеров, состоящих из повторяющихся единиц, называемых нуклеотидами. Каждый нуклеотид включает в себя сахар, фосфат и одно из четырёх оснований: A, C, G или T. Эта последовательность определяет цепь ДНК, и подсчёт этих оснований — основа практически любого геномного анализа.

После мини-урока по биологии мы перейдём в VS Code, настроим структуру небольшого проекта с помощью вспомогательного модуля utils.py, загрузим набор данных и воспользуемся Python collections.Counter для корректного решения задачи. Я покажу, как анализировать входные данные, подсчитывать количество нуклеотидов и записывать результаты в каталог с ответами для удобства отправки.

Что вы узнаете в этом выпуске:
Базовые концепции структуры ДНК и нуклеотидов
Как структурированы задачи Розалинд
Настройка среды Python для биоинформатики
Загрузка текстовых наборов данных ДНК
Использование Counter для вычисления частот символов
Форматированный вывод ожидаемого результата Розалинд

Этот выпуск — часть моего задания Rosalind Bioinformatics Stronghold Challenge, в котором я решу все задачи, изучая биологию, стоящую за каждой из них.

Следующий выпуск: Транскрибирование ДНК в РНК.

Спасибо за просмотр — увидимся в следующем выпуске!

Тайм-коды:
0:00 — Вступление
1:30 — Биологический контекст
2:38 — Кодирование

Музыка:
Lofi Jazz — delosound
Lofi Фоновая музыка — delosound
Lofi — Lofi Chill — delosound
Lofi Фоновая музыка 2 — delosound