【完結】名探偵コナン&金田一少年の事件簿 めぐりあう2人の名探偵 ＃５

江戸川コナン一行は、リゾート地「夕闇島」に向かうフェリーに乗っていた。阿笠博士が友人からチケットを譲り受けたので、皆で観光に行こうと言う事になったためだ。当初は乗り気でなかったコナンも、島で神隠しが起こると言う噂を聞き、その謎を解き明かすため、「夕闇島」へ向かうことにした。

一方、金田一一の元には中学時代の同級生であった鳥羽美佐からの手紙が届いていた。手紙には、「夕闇島で恐ろしいことが起こる」と記されており、フェリーのチケットが同封されていた。これに疑問を感じるも文面や当時の彼女の性格から悪戯ではないということを確信した金田一は、警視庁の剣持警部と幼馴染の七瀬美雪を連れ、「夕闇島」を目指す。

奇しくも同じフェリーに乗り合わせ、一瞬の邂逅を果たすことになった江戸川コナンと金田一一。

「夕闇島」に到着したのち、コナン一行は民宿へ向かう。一方、美雪は船内で拾ったという奇妙なバッジを金田一に渡す。このバッジが後に2人の名探偵を結び付けるとは、誰もまだ予想だにしていなかった。

その後、金田一一行は出迎えに来る予定であった美佐を待つが、なかなか現れないので心配になり、美佐が働いているというみやげ屋「風花堂」へ向かう。

「神隠し」、「25年前の惨劇」、「連続爆弾事件」、そして「もうひとつの夕闇島」。

それぞれの場所、それぞれの立場で独自に調査をするコナンと金田一は、時に情報を交換し、時に協力して事件に挑む。謎が謎を呼ぶ「夕闇島」の真実を、2人の名探偵は解き明かすことができるのであろうか。