Скачать или смотреть Технология Fiber-seq удваивает нормативно-правовую базу для кукурузы | PAG 2026

Узнайте, как Fiber-seq выявляет более 50 000 регуляторных элементов, невидимых для традиционных методов определения доступности хроматина. В этой презентации с конференции PAG 2026 Кристин Квейч, доктор философии, делится результатами, которые удваивают наше понимание регуляции генов кукурузы.

Короткие методы секвенирования, такие как ATAC-seq, пропускают регуляторные элементы размером менее 200 bp и те, которые имеют более низкую степень связывания с белком. Используя Fiber-seq с поддержкой PacBio, лаборатория Квейч идентифицировала более 107 000 доступных регионов хроматина в кукурузе, половина из которых невидима для обычных методов анализа. Работа также выявляет регуляторную активность в LTR-ретротранспозонах и подтверждает гипотезу Барбары Макклинток об активации транспозонов в гибридах.

Что вы узнаете
Выявление регуляторных элементов, которые не может обнаружить ATAC-seq с короткими прочтениями
Разрешение паттернов доступности хроматина на уровне отдельных молекул в геномах растений
Применение Fiber-seq для обнаружения энхансеров и промоторов, полученных из транспозонов
Анализ регуляторных ландшафтов с разрешением по гаплотипам в гибридах кукурузы

Приглашенные докладчики
Кристин Квейч, PhD (Университет Вашингтона, кафедра геномных наук)

Разделы
00:00 Введение: Fiber-seq позволяет выявлять множество регуляторных особенностей
02:49 Визуализация доступности хроматина на уровне отдельных молекул
03:53 Почему длинные прочтения важны для геномов растений
04:56 Fiber-seq удваивает регуляторный ландшафт кукурузы
05:31 Что пропускает ATAC-seq: короткие регуляторные элементы
07:00 Регуляторная активность ретротранспозонов LTR
09:46 За пределами пиков: Паттерны ACR и машинное обучение
11:45 Контекстный UMAP улавливает особенности регуляторных элементов
13:45 Гибриды кукурузы и гипотеза Барбары Макклинток
16:30 Резюме: Взгляд на регуляцию генов с точки зрения отдельных молекул

Ресурсы
Обзор Fiber-seq: https://www.pacb.com/technology/fiber...
Fiber-seq для эпигеномных приложений: https://www.pacb.com/applications/epi...
Геномика растений и животных: https://www.pacb.com/applications/pla...
Bubb & Hamm et al., Nature Plants, 2025 (упомянутая публикация)

Какие регуляторные регионы в вашей любимой культуре могут скрываться от методов анализа коротких прочтений? Оставляйте комментарии ниже.

Подписывайтесь на канал PacBio, чтобы получать больше контента о геномике:
https://www.youtube.com/@PacificBiosc...
Узнайте больше о PacBio на сайте https://pacb.com/
Юридическая информация и товарные знаки: https://www.pacb.com/legal-and-tradem...

#Fiberseq #PlantGenomics #Epigenomics