18-07-2020. А. Абдуллатыпов. Вычислительные методы в исследовании Hup-гидрогеназ

В докладе будут использованы результаты работы, опубликованной в статье "Hup-Type Hydrogenases of Purple Bacteria: Homology Modeling and Computational Assessment of Biotechnological Potential" (автор - А.В. Абдуллатыпов, Int. J. Mol. Sci. 2020, 21(1), 366; https://doi.org/10.3390/ijms21010366). Будет рассказано о применявшихся в процессе написания статьи методах, таких, как гомологичное моделирование, подсчёт межмолекулярных взаимодействий, белок-белковый докинг и докинг малых молекул, использование серверов для предсказания функционально значимых участков по характерным аминокислотным последовательностям (сигналы экспорта и трансмембранные спирали). Работа выполнялась исключительно на компьютере.

00:07:27 - Вводная про гидрогеназы
00:30:45 - Топ лабораторных разработок топливных элементов с использованием гидрогеназ
00:39:20 - Обычно гидрогеназы связаны с мембраной, но известен случай внеклеточной локализации
00:42:20 - Для чего же существуют гидрогеназы (спойлер: они участвует в рециклинге энергетических молекул клетки)
00:55:17 - Вращающийся дисковый электрод снимает диффузионное ограничение при газообмене
00:56:25 - Пример "логотипа аминокислотной последовательности"
00:59:26 - Пару ласковых хвалебных слов об исследованиях лакказ в ИБФМ РАН от докладчика
01:11:11 - Что есть "жесткая статистика" от А.В. Абдуллатыпова
01:41:10 - Как проходило рецензирование и как учесть интересы читателей статьи с проблемами цветовосприятия