Скачать или смотреть Конор Молони - Mosaic: автоматизация стандартных TFL с открытым исходным кодом и использованием ARS.

Mosaic: Автоматизация стандартных TFL с открытым исходным кодом и использованием ARS (Конор Молони)

Аннотация: Стандарты CDISC помогают оптимизировать наборы данных (например, SDTM и AdaM), однако результаты анализа не имеют общей модели. Разрабатываемый стандарт результатов анализа (ARS) поможет восполнить этот пробел с помощью машиночитаемых спецификаций. Mosaic объединяет ARS с открытым исходным кодом для генерации полностью проверенных стандартных TFL, быстро и воспроизводимо.
Как это работает
Mosaic фиксирует требования к набору данных результатов анализа (ARD) в формате YAML, соответствующем ARS; обновления и изменения вносятся путем редактирования этих метаданных, а не кода. После проверки LinkML слой Python сохраняет YAML в базе данных с помощью ORM-движка SQL Alchemy. Слой генерации результатов намеренно не зависит от языка программирования. Правила, преобразующие наборы данных AdaM в ARD, выражаются в виде метаданных, которые могут быть представлены на любом статистическом языке. В реализации Mosaic для вывода ARD используется R.
Проверенный ARD считывается с помощью React UI. Здесь пользователи имеют контролируемые параметры настройки. Пользователи могут просматривать каждую оболочку TFL в режиме реального времени и экспортировать готовые к проверке регуляторами RTF-файлы, подходящие для подачи документов.
Mosaic заменяет нерегламентированное программирование прозрачным, основанным на стандартах конвейером, ускоряя доставку TFL, одновременно обеспечивая отслеживаемость и соответствие нормативным требованиям. Это перераспределяет усилия программистов с повторяющегося кодирования на высокоэффективную научную экспертизу.

Доклад представлен на конференции R/Pharma Conference Europe/US Track 2025.