Действие игры происходит в Нью-Йорке. Питеру Паркеру 23 года и, по сюжету, он уже 8 лет является Человеком-пауком. Он работает на учёного Отто Октавиуса, с которым они разрабатывают новый вид интеллектуальных протезов. У Отто серьёзные финансовые трудности, так как работа его оплачивается из муниципальных грантов. Палки в колёса вставляет мэр города и его бывший коллега Норман Озборн, с которым они вместе организовали Озкорп, название является производным от их имён — Озборн и Отто. Несмотря на это, они с Паркером добиваются определённых успехов.
В начале игры главный герой помогает арестовать Уилсона Фиска, что спровоцировало войну банд. Криминальный мир города начинает захватывать банда Демоны, китайские иммигранты с затуманенным разумом. Во время расследования деятельности банды, Человек-паук знакомится с офицером Джефферсоном Дэвисом, с которым они находят склады, оружия демонов. В завязавшейся погоне и перестрелке офицер помогает Человеку-пауку в поимке членов банды, после чего удостаивается почётной награды от мэра города. Во время церемонии происходит теракт, целью которого было покушение на мэра города. В теракте погибает офицер Дэвис, и нас знакомят с его сыном — Майлзом Моралесом. Питер встречает его на похоронах и приносит соболезнования, на что Майлз резко реагирует.
Покушение подталкивает Озборна нанять для охраны международную организацию «Соболь Интернешнл», возглавляемой женщиной по прозвищу Серебряный Соболь. Та рекомендует Человеку-пауку не вмешиваться, а если увидит ещё раз — пристрелит. Далее Питер выясняет, что бандой руководит владелец благотворительной организации П.И.Р. (оригинал — F.E.A.S.T.) Мартин Ли, в которой работает тётя Мэй. Демоны охотятся на профессора, который занимался разработкой вещества под названием «Дыхание Дьявола». Параллельно с событиями в лаборатории Отто происходят определённые успехи в создании протезов. Октавиус решает пересмотреть свои взгляды и решает перенаправить работу на расширение возможностей человека, разрабатывая новые конечности, вместо протезов. Первые испытания с Паркером происходят относительно успешно, но проект требует серьёзной доработки.
Человек-паук спасает Майлза от уличных хулиганов, после чего тот приходит работать в П.И.Р., куда его рекомендовал Питер, чтобы помочь пережить боль утраты отца. Мистер Ли организовывает нападение на сотрудника Озкорп доктора Майклза, который находится под защитой Соболя. В ходе конвоирования демоны нападают на конвой и похищают его. Пауку удаётся спасти учёного, но Дыхание Дьявола похищает Мистер Негатив. При помощи этого вещества демоны пытаются совершить теракт на городском вокзале. Мэри Джейн помогает Человеку-пауку предотвратить теракт, обезвредив бомбу. После чего герои обнаруживают Ли, который пытается скрыться на поезде, но Паук догоняет его и начинается схватка, в результате которой он побеждает злодея и отправляет его за решётку.
Октавиус приглашает Паркера для испытания прототипа его изобретения — комбинезона с щупальцами, управляемые мозгом. Испытания успешны, но Питер обнаруживает серьёзное влияние нейроинтерфейса на мозг и советует профессору подождать, доработать устройство. Отто соглашается, но после ухода героя видит выпуск новостей, в котором видит своего соперника, Нормана Озборна, готовящегося к выборам мэра. Профессор злится и снова надевает костюм, который, как выяснится далее, усилит гнев Октавиуса и сведёт его с ума.
Информация по комментариям в разработке