Скачать или смотреть آلية عمل الانزيم:

آلية عمل الانزيم:
استغلال معطيات الشكل(1): يمثل البنية الفراغية لإنزيم كربوكسي ببتيداز في غياب مادة التفاعل بواسطة برنامج راستوب(Rastop) حيث نلاحظ: يتكون إنزيم كربوكسي ببتيداز من سلسلة ببتيدية تحتوي على عدد قليل من البنيات الثانوية α والثانويةβ ومناطق انعطاف، لها شكل كروي وتحتوي على موقع فعال بشكل حجيرة(تجويف)
الاستنتاج: عدد ونوع وترتيب الاحماض الامينية تحدد عدد السلاسل الببتيدية وعدد البنيات الثانوية α والثانويةβ ومناطق انعطاف، و الروابط الكيميائية بين جذور الاحماض الامينية :
الجسور ثنائية الكبريت.
الروابط الشاردية
تجاذب الأقطاب الكارهة للماء
الروابط الهيدروجينية.
تحدد بنية فراغية محددة ومستقرة تحتوي على موقع فعال تحدد تخصص وظيفي انزيم للبروتين.
استغلال معطيات الشكل(2): الاحماض الامينية المشكلة للموقع الفعال في غياب مادة التفاعل حيث نلاحظ:
يتكون الموقع الفعال لانزيم كربوكسي ببتيداز من الاحماض الامينة : (Arg147.His196.His96.Glu72.Glu270.Tyr248) وذرة الزنك (Zn) لجذر الحمض الاميني(His196)
الاحماض الامينية المشكلة للموقع الفعال متباعدة (متفرقة) حيث تقدر المسافة بين ذرة الزنك (Zn) لجذر الحمض الاميني(His196) وجذر الحمض الاميني (Tyr248) بـ:( 18.7 A°).
الاستنتناج: يتكون الموقع الفعال لانزيم كربوكسي ببتيداز من عدد ونوع وترتيب محدد من الاحماض الامينية من السلسلة الببيتيدية في مواضع محددة من الفراغ تشكل بنية فراغية محددة ومستقرة بشكل حجيرة(تجويف) تتكامل بنيويا مع مادة التفاعل(S).
استغلال معطيات الشكل(3): يمثل البنية الفراغية لانزيم كربوكسي ببتيداز في وجود مادة التفاعل بواسطة برنامج راستوب بالنموذج المكدس حيث نلاحظ:
تثبت مادة التفاعل (S) في الموقع الفعال للانزيم عن طريق التكامل البنيوي المحفز مشكلة معقد انزيمي (ES).
الاحماض الامينية المشكلة للموقع الفعال متجمعة (متقاربة).
الاستنتاج: يحتوي الموقع الفعال موقع تثبيت وموقع تحفيز
استغلال معطيات الشكل(4): الاحماض الامينية المشكلة للموقع الفعال في وجود مادة التفاعل حيث نلاحظ:
الاحماض الامينية المشكلة للموقع الفعال متجمعة (متقاربة) حيث تقدر المسافة بين ذرة الزنك (Zn) لجذر الحمض الاميني(His196) وجذر الحمض الاميني (Tyr248) بـ:( A° 7.5).
تثبت مادة التفاعل (S) في الموقع الفعال للإنزيم كربوكسي ببتيداز عن طريق التكامل البنيوي المحفز مشكلة معقد انزيمي (ES).
الاستنتاج: يحتوي الموقع الفعال على موقعين:
موقع تثبيت مسؤول عن تثبيت مادة التفاعل عن طريق التكامل البنيوي المحفزمشكلا معقد انزيمي(ES)
موفع تحفيز: مسؤول عن حدوث التفاعل (تحويل مادة التفاعل الى ناتجP).
الربط: علاقة البنية الفراغية والانزيم:
عدد ونوع وترتيب الاحماض الامينية تحدد عدد السلاسل الببتيدية وعدد البنيات الثانوية α والثانويةβ ومناطق انعطاف والروابط الكيميائية بين جذور الاحماض الامينية :
الجسور ثنائية الكبريت.
الروابط الشاردية
تجاذب الأقطاب الكارهة للماء
الروابط الهيدروجينية.
تحدد بنية فراغية محددة ومستقرة تحتوي على موقع فعال تحدد تخصص وظيفي انزيم للبروتين.
تحتوي البنية الفراغية للانزيم على موقع فعال محدد بعدد ونوع وترتيب محدد من الاحماض الامينية تشكل موقعين:
موقع تثبيت مسؤول عن تثبيت مادة التفاعل عن طريق التكامل البنيوي المحفزمشكلا معقد انزيمي(ES)
موقع تحفيز: مسؤول عن اجراء التفاعل (تحويل مادة التفاعل الى ناتجP).